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A fauna deve ser dividida entre fauna silvestre e doméstica. Em termos de mamíferos a fauna timorense pode ser considerada bastante pobre, tendo em atenção que a área está incluída na província malaia da região australiana.

Existem então cervos, denominados veados em Timor, porcos selvagens, macacos (macaca fascicularis), lacos ou marta-das-palmeiras, medas, o único mamífero metatério existente em Timor, várias espécies de ratos e morcegos. Os mamíferos domésticos são os búfalos domésticos e o banteng ou balinês. Existiu em reduzido número o bovino europeu. Há ainda cavalos, os poneys timorenses, porcos, carneiros, cabras.

Quanto às aves, apesar de se verem poucos pássaros actualmente, a avifauna timorense é rica. Em 1932, na sequência de um estudo do Professor Stresemann, do Museu de Berlim, foram adicionadas às 144 espécies e subespécies conhecidas, mais vinte e cinco, elevando assim o número de entidades ornitológicas (aves) conhecidas para 169.
Quanto às aves domésticas, são fundamentalmente representadas pela galinha doméstica, patos e pombos.

Dentro dos répteis encontramos crocodilos, jibóias, a cobra-verde, e vários lagartos, merecendo especial atenção, o toquê, cuja denominação é onomatopaica, ou seja, resultante dos gritos que este animal emite.